Ján Matejka v současné době působí jako vedoucí oddělení soukromého práva a zástupce ředitele Ústavu státu a práva Akademie věd ČR, kde se věnuje zejména problematice nových technologií. Jako pedagog působí na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy, Právnické fakultě Masarykovy univerzity v Brně a Právnické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Ján Matejka je také členem redakčních rad právnických a právně orientovaných časopisů, jako jsou Právník, Všehrd, Revue pro právo a technologie, DSM nebo ITpravo. cz, V roce 2009 mu předseda Akademie věd udělil prémii Otto Wichterleho, kterou získávají mimořádně kvalitní a perspektivní vědečtí pracovníci AV ČR. Ján Matejka je autorem více než 100 odborných a popularizujících prací. Působí rovněž jako samostatný advokát.